RNAi 연구에서 파생된 중요한 발견의 하나로 알려져 있다. miRNA (microRNA)는 siRNA와 유사한 약 21염기의 단사슬 RNA이다. 다른 부분은 miRNA의 경우, target mRNA가 자신과 약간 달라도 상보결합을 이룬다는 점이며, 주로 번역활성의 제어를 하는 걸로 여겨진다. 또 각각의 miRNA는 게놈의 miRNA 유전자로부터 생성된다.
20염기 정도의 짧은 RNA가 생물학적으로 중요한 의미를 가진다고는 아무도 생각하지 못 했었겠지만, 선충의 형태형성의 시간을 제어하는 lin4, let7 이라는 유전자들이 굉장히 짧은 RNA를 코드한다는 사실은 알려져 있었다. 그리고 siRNA 발견을 계기로 수백 개의 miRNA가 선충, 초파리, 인간에게 존재한다는 것을 3개의 연구그룹들이 동시에 Science(294)지에 발표했다. 현재 인간에게는 200개 이상의 miRNA가 존재하는 것으로 예측된다. siRNA와 miRNA의 관계를 좀더 살펴보면, 둘 다 Dicer에 의해서 처리된다는 점이 똑같다. 게놈상의 긴 헤어핀 구조 영역에 코드된 miRNA는 일차 전사물의 헤어핀 부분이 Dicer에 의해 짧게 절단된다. 그리고 siRNA, miRNA 둘 다 RISC 복합체에 결합되지만 그 자세한 메카니즘은 밝혀지지 않았다. miRNA는 target RNA의 3'비번역영역에 결합해 번역제어를 하지만 여기서의 특징은 target RNA와 miRNA 사이의 염기대에는 몇 개인가의 불완전한 결합(염기대 형성)이 존재해서, 결국 그때문에 RNAi경로에 의한 target RNA 분해가 일어나지 않는 것으로 보인다.
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